امور تحقیق و توسعه شرکت موج‌نیرو از سال 1389 شروع به فعالیت نموده و هدف اصلی ایجاد آن،  تحقیق و توسعه محصولات سخت‌افزاری و نرم‌افزاری مورد استفاده در دیسپاچینگ، مخابرات و اتوماسیون بوده است. واحد R&D در طول بیش از یک دهه فعالیت خود موفق به تولید نرم‌افزار اسکادا با نام پایا اسکادا و نرم افزار اتوماسیون پست با نام PAYA SAS  شده است که هم اکنون در چندین مرکز کنترل و پست‌های برق در کشور در حال استفاده و بهره‌برداری است. شناسایی و توسعه محصولات جدید در حوزه اتوماسیون  و دیسپاچینگ همواره در دستور کار این امور بوده و توانسه است در سال های اخیر نرم افزارهای مدیریت هوشمند تونل، مدیریت راندمان بویلر، مدیریت دارایی‌ها و داشبورد مدیریتی را به سبد محصولات نرم افزاری پایا اضافه نماید.

در بخش سخت افزاری این امور نیز موفق به طراحی و ساخت محصولات مورد نیاز صنعت دیسپاچینگ و اتوماسیون از جمله انواع ترانسدیوسرها، مودم های FSK، Y-Switch و RTU شده است که بخشی از این محوصلات تجازی سازی و به تولید صنعتی رسیده است.

امور تحقیق و توسعه شرکت موج‌نیرو در کنار تحقیق و توسعه محصولات، وظیفه ایجاد دانش و شناسیایی زمینه‌‎های جدید جهت ورود و سرمایه‌گذاری را بر عهده داشته و به عنوان هسته علمی و تحقیقی شرکت در هدف‌گذاری‌ها و جهت‌دهی به فعالیت های شرکت عمل می‌‌کند. نتیجه این موضوع ایجاد اسناد علمی و تخصصی  و چاپ مقالات در حوزه های کاری شرکت است.